便秘可能與腸道菌有關，巴金森病患的腸道菌確實與健康人有相當大的差異。Derkinderen等人研究香菸、咖啡、腸道菌與巴金森氏症的關係，認為當腸道菌因為種種原因逐漸傾向於發炎型腸道菌相時，腸道的免疫細胞及神經膠細胞（EGC）會分泌較多量的發炎性細胞激素，促使腸道神經細胞（ EN）內形成會傷害神經細胞（路易氏體的變性蛋白質凝集體；LB），這種病理現象會慢慢經過迷走神經進展到大腦的藍斑核（LC）及黑質（SN）部位，數年後就誘發出巴金森氏症。
咖啡可預防巴金森氏症是因為它們會使發炎型腸道菌相逐漸改變成抗炎型腸道菌相。目前，國內有研究室開發出精神益生菌（psycho-biotics）PS128，是一株超級抗發炎益生菌，預期有助於將腸道菌保持在健康的抗炎型腸道菌相，對健康老鼠、憂鬱老鼠或無菌老鼠餵食PS128，都能顯著提升腦部多巴胺的濃度。
目前，有使用全基因組為基礎（genome wide-based）的技術研究，提出咖啡降低巴金森氏症的風險可能與谷氨酸受體基因（glutamate receptor gene） GRIN2A有關的論點，但對於接受荷爾蒙補充療法（HRT）的停經後婦女則無保護效果。
Hu等在芬蘭的研究，發現每天喝1∼4杯咖啡的人，未來發生巴金森氏症的機會減低47%，每天喝5杯則可減少60%。Ross等的研究結果亦顯示每日咖啡喝越多，未來發生巴金森氏症的機會越低。
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