只裝過白開水或是剛使用完的保溫瓶，可以直接加入少許清潔精和清水，將蓋子蓋上後搖動保溫瓶、讓清潔劑充分清洗瓶內環境，再將髒水倒掉、以清水徹底沖洗，最後倒置晾乾，就是最基礎的清潔方式。不過，有時瓶內也會殘留一些污垢、沉澱物或臭味，這時就可以使用下列的方法來清潔：
※瓶內有污垢或沉澱物
1 保溫瓶內放入1/4杯小蘇打粉，倒滿清水、稍微攪拌後放置過夜，讓污垢自然溶解。
2 若有較為嚴重的沉澱物，可用長柄的清潔瓶刷去除。但是也要注意瓶刷的材質，鋼刷較容易損傷保溫瓶的內壁或塗層，因此使用較軟的塑膠刷較為安全。
3 若無適合的瓶刷，則可在瓶中放入乾米粒、白醋1/4杯和清水，並搖晃保溫瓶以幫助去除。
4 裝入約1/4瓶的小顆冰塊、加入2~3匙的鹽，再栓緊瓶蓋、用力搖晃保溫瓶，就能讓鹽和冰塊一起刷洗保溫瓶內壁，過程中也可以翻轉保溫瓶，讓每個角落都被清洗到。
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