GAPS（腸道和心理症候群）的兒童與成人都有消化問題
，有時候相當嚴重。所有程度不同的絞痛、腹脹、腸胃氣脹、腹瀉、便祕、餵食困難和營養不良，都是自閉症、思覺失調症和其他GAPS 的典型表徵。醫生們通常解釋這些症狀是由於患者「有趣的」飲食習慣所導致，而且不會研究它們。無論我們是檢視一個兒童或成人的GAPS，大多數個案的消化問題起始於斷奶的時期或是以配方奶和其他食物取代母奶的時刻。許多個案的父母清楚記得腹瀉或便祕是從第二年開始，但是仔細回溯，他們可能會憶起孩子在第一年就有出現絞痛、嘔吐（逆流）或其他消化症狀。
對於GAPS的成人患者，為了蒐集自出生開始的詳細醫療歷史，如果可能，與他們的父母談話是很重要的步驟。在那些兒童時期沒有腸道問題病史的成人患者中，其消化問題可能是從一些損害健康的事件之後才開始出現。
生命的第二年開始，許多GAPS 的兒童會發展出挑食的飲食習慣，他們拒絕大量的食物，將自己的飲食侷限於少數幾種食物，通常是澱粉和甜食︰早餐穀片、油炸馬鈴薯片、洋芋片、爆米花、蛋糕、餅乾、甜點、香蕉、麵包、米飯、含糖優格等。
這些孩子大部分都拒食蔬菜、水果（香蕉除外）、肉、魚和蛋。我在診所看過的自閉症兒童中，大概有60~70%的小孩有非常受限的飲食，有時候可能只接受二或三種項目的食物，很少會遇見不挑食的自閉症兒童。其他GAPS的兒童可能不會像自閉症兒童如此極端，但是他們大多數人也有限制自己飲食的相同狀況。
GAPS兒童的父母也很少形容孩子的糞便正常。這種情況在自閉症兒童中尤其顯著。腹瀉和便祕的狀況常輪替出現，許多個案的糞便中可以清楚看見未消化的食物。很多時候，他們的糞便會散發出非常強烈、難聞的氣味，而其他時候則會充滿液體和泡沫，使得孩子無法憋住。有時候糞便會非常酸，並且刺激孩子尿布區域的肌膚。