自閉症與思覺失調症以外，注意力不足過動症、失讀症、運動協調障礙、氣喘、過敏、溼疹和其他GAPS 情況的科學文章就更少了。然而，當涉及臨床觀察時，幾乎所有患有GAPS的兒童及成人患者身上都有不同程度的消化問題。
許多病人表現出典型的大腸激躁症︰異常的疼痛、脹氣、糞便異常和腸胃氣脹。少部分的病人可能有正常的糞便，但是會受營養不良、逆流、火燒心、異常疼痛和腸胃氣脹所苦。GAPS的兒童患者中，大部分都會以典型GAPS的模式去限制自己的飲食，偏愛加工過的碳水化合物，甚至會排除一切其他食物。
許多GAPS的成人也有類似的挑食行為。我有一些患者並沒有抱怨任何特定的消化問題，但是當實行GAPS的治療計畫後，他們的健康都有戲劇化地改善。
這裡的問題為︰為什麼GAPS 的兒童和成人患者的消化系統會有那些狀況呢？這與他們的心智狀態有什麼關係呢？為了解開這些問題，我們必須檢視一些人類腸道中非常重要的基礎面向。
● 無澱粉的新鮮蔬菜
法國洋薊、甜菜根、花椰菜、球芽甘藍、高麗菜、白花椰菜、胡蘿蔔、小黃瓜、芹菜、四季豆、歐南瓜、西葫蘆或櫛瓜、茄子、大蒜、洋蔥、羽衣甘藍、蘑菇、荷蘭芹、青豆、各色彩椒、南瓜、長豆、南瓜屬植物、波菜、蕃茄、蕪菁、水田芥。
可以使用冷凍蔬菜，只要它們沒有塗抹澱粉、糖或任何其他東西。所有蔬菜都應該去皮、去籽和煮熟，直到腹瀉情況完全消失。之後，生蔬菜可以慢慢加入餐點中或作為點心。
有大量的出版物讚揚食用蔬菜的好處，所以我們這邊不多做贅述。然而，一個重點是：有機蔬菜比起非有機的更好。我有病人只要食用特定的蔬菜就會腹瀉，直到他們將蔬菜換為有機蔬菜。一位GAPS 患者的敏感消化系統毫無疑問地會對非有機蔬菜中的殺蟲劑和其他化學物質產生反應。