感染新冠肺炎患者於住院中發生靜脈血栓之機率為3~20%，風險遠高於施打疫苗引起之併發症。
梗塞性「腦中風」是腦部「動脈」的血栓，台灣腦中風學表示中風急性期兩週內不建議施打，穩定後還是應該施打，因為好處還是遠大於壞處。以大陸武漢去年研究為例，1875個新冠肺炎患者中，50位有中風病史之病人，有較多的慢性病、較容易發生呼吸衰竭及入住加護病房。
因此曾中風後的病人應接種疫苗，避免發生新冠重症或是死亡，而抗血小板藥物（如阿斯匹靈、保栓通）及抗凝血藥物皆不需停用、亦不會增加接種疫苗的副作用。此外巴金森氏病患者，若符合資格者應儘速施打疫苗，打疫苗當天無須停藥，注射部位可選擇動作較差側的手臂。
新冠肺炎（COVID-19）肆虐全球，除了呼吸道症狀之外，也會影響神經系統，去年，中國附醫神經部團隊做了系統性的回顧及統合分析，總結了新冠肺炎的神經學表現，最常見的為嗅味覺異常、頭痛、肌肉酸痛、頭暈、腦中風、癲癇等，研究成果刊載於去年五月的《神經學前沿期刊》（Frontiers in Neurology）。
於一年後，再度進行文獻回顧，發現上述的神經學症狀皆是可恢復的，歐美及中東地區的研究已證實嗅味覺改變之症狀，在一週內已開始逐漸恢復，一年之後，96%的病人嗅味覺皆恢復，其原理為免疫反應造成嗅味覺細胞發炎，造成嗅味覺的喪失。
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