蘋果上有凹陷褐色斑點不是爛掉，而是「苦痘症」
事實上，蘋果上出現凹陷褐色斑點的原因，並非因微生物或病蟲害所引起，根據《食力》傳媒報導，而是一種稱為「苦痘症」（bitter pit）的疾病，和蘋果生長時的環境條件，如溫度、濕度、pH值、光照等因素有關。
除此之外，苦痘症也和施肥時加入過多的氮肥、鉀肥而引起缺鈣的現象有關係，由於鈣可以增強植物的細胞壁，蘋果局部的組織缺鈣時，就會讓果皮及果肉呈現黑褐色，但其實這樣的外表，除了降低人們吃的慾望之外，並不會對人體健康造成危害。
此外，《高雄區農業改良場研究彙報》也曾指出，發生苦痘症的果實具有較低的鈣／（鎂＋鉀）比值，並含有較高濃度的草酸及檸檬酸；當病徵發生時，在病斑部位的細胞膜通透性會較高，導致多酚氧化酶活性上升，並累積較高濃度的不可溶性鈣，因此形成褐色斑點。
蘋果苦痘病好發於果實儲藏期間，除了在果實表面會呈現木栓化、深色且凹陷的斑塊，切開果實後也會發現，接近苦痘病病斑的果肉組織同樣也會有呈現褐斑的狀況。
空氣接觸果肉產生褐變不是因為鐵氧化！滴檸檬、柳橙汁避免多酚氧化
有關於蘋果果肉呈現褐色的迷思不只上述的「黑痘症」，過去網路常謠傳，蘋果接觸空氣中會呈現褐色的原因，是因為蘋果中富含鐵質。但衛福部曾對此作出闢謠，其實蘋果所含的鐵質並不豐富，會變成黃褐色，其實是因為蘋果當中的「多酚」氧化而引起的「褐變」。
林口長庚醫院臨床毒物科主任顏宗海也曾受訪表示，其實蘋果變黑和鐵質一點關係都沒有，變黑的主因是蘋果中的抗氧化成分多酚，以及多酚氧化酶有關。顏宗海醫師解釋，由於在蘋果結構未被破壞時，細胞中的多酚和多酚氧化酶會被區隔開；一旦結構被破壞，兩者就會產生交互作用，即產生「褐變」，導致果肉顏色變深。
那麼在蘋果褐變之後，營養價值會不會有所改變？衛福部指出，雖然褐變後的蘋果會流失一點營養，但膳食纖維、醣類及礦物質成分仍相當豐富；若想改善核變的情形，可以用些許鹽水浸泡水果，或是滴上檸檬汁或柳橙汁，當中的維生素C成分可防止多酚被氧化酵素氧化。
另外，顏宗海醫師也指出，不管是泡鹽水，或是使用維生素C抗氧化的效果讓蘋果「返白」，只是讓蘋果樣子變比較好看，和營養並沒有關係。另一方面，顏宗海醫師提醒，即使蘋果泡過鹽水，泡久了一樣會氧化、變黑，加上現代人多有高血壓問題，若泡鹽水，可能會讓蘋果有高鈉的風險，應該多加留意。
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